自己解決しました。
堀口さん (2014-08-08 21:01:05) kiraba.jp/mltest/mailformpro/example_simple.html
自己解決しましたので、ご報告です。
サンクスページにthanks.jsを読み込ませていたのに入力内容がリセットされなかったのですが、フォームのディレクトリと異なるディレクトリにサンクスページを配置していたために起こっていたようです。サンクスページを同一ディレクトリに配置して設定したら入力内容がリセットされました。
パーミッションの件は謎ですが、サーバーの仕様だと思われます。